สมัยกรุงศรีอยุธยา
เป็นที่ยอมรับกันว่า การศึกษาคาทอลิกในประเทศไทยได้มีการจัดการอย่างเป็นทางการในปี ค.ศ. 1665 (พ.ศ.2208) โดยคณะมิชชันนารีชาวฝรั่งเศส สังกัดคณะมิสซังต่างประเทศแห่งกรุงปารีส (Missions Etrang ères de Paris : MEP) ผู้เดินทางมาสู่ราชอาณาจักรสยาม เพื่อเผยแผ่คริสต์ศาสนา และได้รับพระบรมราชานุญาตจากสมเด็จพระนารายณ์ให้จัดตั้งวิทยาลัย (Collegium) ที่บริเวณบ้านปลาเห็ดในกรุงศรีอยุธยาเมืองหลวงของราชอาณาจักร และโปรดเกล้าฯ ให้นักเรียนชายชาวไทย 10 คน เป็นนักเรียนรุ่นแรกศึกษาเรียนรู้วิทยาการของชาวยุโรป หลักสูตรการศึกษาสอนด้วยภาษาละตินภาษาฝรั่งเศส และภาษาสยาม อำนวยการสอนโดยพระสังฆราชลังแบรต์ เดอ ลา มอตต์ (Lambert de la Motte) และคณะมิชชันนารี อย่างไรก็ตาม การศึกษาคาทอลิกในประเทศได้เริ่มมาก่อนหน้านี้ถึง 10 ปี จากหลักฐานทางประวัติศาสตร์ โรงเรียนคาทอลิกแห่งแรกในประเทศไทยตั้งขึ้นเมื่อปี ค.ศ.1655(พ.ศ. 2198) โดยบาทหลวงโทมัส เดอ วัลกัวร์เนรา (Thomas de Valguarnera) ชาวอิตาเลียน
บาทหลวงเดอ วัลกัวร์เนรา ใช้ชีวิตอยู่ในราชอาณาจักรสยามในช่วงแรกเป็นเวลา 15 ปี ได้เรียนรู้ภาษาไทยเป็นอย่างดี และถึงแม้ว่าจะมีความสามารถและบทบาทสำคัญ ในฐานะเป็นสถาปนิก จนได้รับแต่งตั้งเป็นสถาปนิกประจำราชสำนักของสมเด็จพระนารายณ์ แต่บาทหลวงเดอ วัลกัวร์เนรา ก็มีความตั้งใจแน่วแน่ที่จะสร้างโรงเรียนเพื่อให้การศึกษาแก่เด็กชายที่อาศัยอยู่บริเวณบ้านพักของบาทหลวง ซึ่งส่วนใหญ่เป็นเด็กชาวโปรตุเกส ชาวเวียดนามจากตังเกี๋ย และชาวจีน โรงเรียนที่สร้างขึ้นบริเวณบ้านพักเป็นโรงเรียนเล็กและเรียบง่าย แต่มีการเรียนการสอนโดยบาทหลวง 4 ท่าน และภราดาอีก 1 ท่าน นอกจากลูกหลานของคาทอลิกแล้ว ผู้คนที่ไม่ได้นับถือศาสนาคาทอลิกก็ส่งลูกหลานมาเรียนที่โรงเรียนนี้ด้วย ต่อมาใน ค.ศ.1659 (พ.ศ.2202) บาทหลวงเดอ วัลกัวร์เนรา ได้รับการสนับสนุนทางการเงินจากชาวโปรตุเกสผู้ร่ำรวย ชื่อ เซบัสเตา อันเดร ดา ปอนเต (Sebastao Andre da Ponte) ผู้อพยพมาจากเมืองมาเก๊า จึงสามารถสร้างเรือนหลังใหญ่ ขยับขยายบ้านพักบาทหลวงและโรงเรียน จนสามารถดำเนินกิจการของโรงเรียนอย่างเต็มที่ใน ค.ศ.1661 (พ.ศ.2204) นับเป็นจุดเริ่มต้นการศึกษาคาทอลิกครั้งแรกในกรุงศรีอยุธยา เป็นการจัดการศึกษาระดับประถมศึกษาสำหรับเด็กชายชาวโปรตุเกส และชาวต่างชาติอื่น ๆ ที่นับถือคริสต์ศาสนาแต่ก็เปิดสอนให้แก่เด็กไทยด้วย การเรียนคำสอนของศาสนาคริสต์เป็นการบังคับให้ทุกคนเรียนแต่ไม่บังคับให้รับศีลล้างบาป