สมัยกรุงธนบุรี และกรุงรัตนโกสินทร์ตอนต้น
ดังที่ได้กล่าวมาแล้ว การสิ้นพระชนม์ของสมเด็จพระนารายณ์ใน ค.ศ. 1688 (พ.ศ. 2231) ทำให้การเผยแผ่ศาสนาของบรรดามิชชันนารี ตลอดจนการดำเนินกิจการของวิทยาลัยและโรงเรียนในกรุงศรีอยุธยายุติลง เพราะสาเหตุทางการเมือง พระสังฆราชลาโน (Laneau) และมิชชันนารีอีก 4 ท่านถูกจับขังคุก ต่อมาเมื่อเกิดสงครามกับพม่า และกรุงศรีอยุธยาถูกทำลายลง ใน ค.ศ. 1767 (พ.ศ. 2310) จึงเป็นช่วงระยะที่บรรดามิชชันนารีต้องอพยพออกจากประเทศสยามและกลับเข้ามาใหม่ในสมัยพระเจ้าตากสินมหาราช ผู้ทรงกอบกู้เอกราช และสถาปนากรุงธนบุรีเป็นราชธานี ดังเช่นบาทหลวงคอรร์ (Corre) ซึ่งลี้ภัยไปพำนักอยู่ในประเทศเขมร ได้เดินทางกลับสู่ประเทศสยาม ใน ค.ศ. 1769 (พ.ศ. 2312) พร้อมด้วยคริสตชน 4 คน เป็นคนญวน 3 คน และคนไทย 1 คน และได้รับการต้อนรับอย่างดีจากพระเจ้าตากสินมหาราช พร้อมทั้งพระราชทานที่ดินแปลงหนึ่งให้สร้างโบสถ์ คือโบสถ์ซางตาครู้ส ซึ่งท่านได้ใช้เป็นสถานที่สอนคำสอน และอภิบาลคริสตชนและจัดตั้งโรงเรียนสามเณราลัย (Seminary) ขนาดเล็ก โดยซ่อมแซมโรงเรียนสามเณรเดิมที่มีอยู่ และเปิดสอนนักเรียนซึ่งขณะนั้นมีอยู่เพียง 5 - 6 คน
เมื่อกลับมายังประเทศสยามอีกครั้งหนึ่ง บรรดามิชชันนารีก็เริ่มลงมือทำงานทันทีโดยเปิดโรงเรียนสอนเด็กไทยให้รู้หนังสือควบคู่ไปกับการสอนศาสนาแก่ผู้ที่สนใจ นอกจากนั้นยังได้อบรมนักบวชหญิงเพื่อปฏิบัติหน้าที่ให้การศึกษาสตรี และเด็กหญิงในสถานศึกษา ซึ่งอยู่ตามโบสถ์ต่าง ๆ เรียกว่า “Parish schools” นักบวชหญิงหรือภคินีคณะรักกางเขนจึงเพิ่มจำนวนมากขึ้น และมุ่งทำหน้าที่หลักในการสอนเด็กและเยาวชนหญิง นอกจากนี้ ยังเตรียมผู้ที่จะรับศีลล้างบาป รับศีลมหาสนิทครั้งแรก รวมถึงศีลสมรสด้วย ปรากฏว่ามีผู้สนใจเรียนและรับการอบรมมากขึ้นตามลำดับ ส่วนใหญ่ยังคงเป็นชาวต่างชาติที่เกิดในประเทศสยามหรือมาจากประเทศเพื่อนบ้านใกล้เคียง ทั้งชายและหญิงและมีผู้ที่เข้ามารับการศึกษาที่สามเณราลัย เพื่อเตรียมตัวเป็นบาทหลวงด้วย แต่ในที่สุดกิจการทั้งหลายก็ต้องเลิกล้มไปอีกครั้งหนึ่งเพราะคณะมิชชันนารีไม่เป็นที่พอพระทัยของสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชจึงถูกขับไล่ออกจากประเทศสยาม
