ครั้นพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชได้ทรงสถาปนากรุงรัตนโกสินทร์เป็นราชธานีใหม่ เมื่อ ค.ศ. 1782 (พ.ศ. 2325) ได้มีพระบรมราชโองการให้พระสังฆราชและบรรดามิชชันนารีที่ถูกเนรเทศกลับเข้ามายังประเทศสยาม ด้วยมีพระราชประสงค์จะรื้อฟื้นความสัมพันธ์กับชาวต่างชาติ
ต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 3 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ ค.ศ. 1824 - 1851 (พ.ศ. 2367 - 2394) ซึ่งเป็นช่วงที่ประเทศในยุโรปออกล่าอาณานิคม ทรงเกรงภัยจากการล่าอาณานิคมของมหาอำนาจตะวันตกโดยเฉพาะอังกฤษและเริ่มไม่ไว้ใจบรรดามิชชันนารี และมีการดูแลกวดขันเพิ่มขึ้น เช่นเมื่อจะเดินทางออกนอกกรุงเทพฯ มิชชันนารีจะต้องมีหนังสืออนุญาต ถ้าไม่มีอาจถูกจับ และนำกลับไปเมืองหลวง
โดยใช้กำลังบังคับ อย่างไรก็ตามบรรดามิชชันนารีก็ดำเนินกิจการด้านการให้การศึกษาอบรมคริสตชนทั้งชาวต่างประเทศ และชาวสยามด้วยความวิริยะอุตสาหะ ครั้นถึงสมัยของพระสังฆราช คูร์เวอซี (Courvezy) ค.ศ. 1834-1841 (พ.ศ. 2377-2384) ผู้ประกาศนโยบายจัดตั้งโรงเรียนประถมศึกษาให้เป็นภารกิจสำคัญที่บรรดามิชชันนารีจะต้องปฏิบัติในการให้การศึกษาคนไทยควบคู่ไปกับงานแพร่ธรรม บรรดามิชชันนารีและบาทหลวงชาวไทย จึงได้พยายามเปิดโรงเรียนประถมศึกษาขึ้นตามโบสถ์ต่าง ๆ ทุกแห่ง เป็นโรงเรียนสำหรับเด็กชายและเด็กหญิง จัดการศึกษาแบบให้เปล่า แต่ปัญหาที่ประสบคือการหาครูดี ๆ มาเป็นผู้สอนอย่างไรก็ตามปรากฏว่าภคินีคณะรักกางเขนได้เป็นผู้ช่วยที่ดีเยี่ยมสำหรับโรงเรียนเด็กหญิงส่วนเด็กชายมีครูฆราวาส ซึ่งได้รับการอบรมที่สามเณราลัยมาก่อนมาช่วยสอน ปัญหาอีกประการหนึ่ง คือบรรดาพ่อแม่ไม่ค่อยให้ความร่วมมือในการส่งลูกมาเรียน แม้จะเป็นการจัดแบบให้เปล่าก็ตาม นอกจากการเปิดโรงเรียนระดับประถมศึกษาซึ่งถือว่าเป็นเรื่อง
สำคัญแล้ว พระสังฆราชคูร์เวอซี ยังสร้างโบสถ์ขึ้นใหม่หลายแห่ง เช่น โบสถ์คอนเซ็ปชัญในปี ค.ศ. 1834 (พ.ศ. 2337) และโบสถ์ที่จันทบุรี ในปี ค.ศ. 1838 (พ.ศ. 2381)
เมื่อพระสังฆราชปัลเลอกัวซ์ (Pallegoix) ได้รับตำแหน่งต่อจากพระสังฆราชคูร์เวอซี ในปี ค.ศ. 1841 (พ.ศ. 2384) ปรากฏว่าในประเทศสยามมีมิชชันนารีชาวยุโรป7 องค์ บาทหลวงพื้นเมือง 5 องค์ ภคินีคณะรักกางเขน 20 รูป คริสตชนทั้งชาวต่างชาติและชาวไทยประมาณ 4,000 คนแบ่งกันอยู่ตามโบสถ์ 6 โบสถ์ คือ โบสถ์นักบุญฟรังซิสเซเวียร์ 1,700 คน โบสถ์คอนเซ็ปชัญ 700 คน โบสถ์ซางตาครู้ส 500 คน โบสถ์แม่พระลูกประคำ 500 คน โบสถ์ที่อยุธยา 500 คน และโบสถ์ที่จันทบุรี 500 คน และยังมีกลุ่มคริสตชนในต่างจังหวัดอีกจำนวนหนึ่ง(16) ทุกแห่งที่มีคริสตชนอาศัยอยู่รวมกันเรียกว่า “ค่ายคริสตัง” และในแต่ละค่ายจะมีโรงเรียนเปิดรับเด็ก แต่จะมีเด็กทั้งชายและหญิงมาเรียนจำนวนน้อย เช่นที่กรุงเทพฯ มีนักเรียนมาเรียนในโรงเรียนคาทอลิกเพียง 450 คน
ใน ค.ศ. 1847 (พ.ศ. 2390) พระสังฆราชปัลเลอกัวซ์ ซึ่งพำนักอยู่ที่โบสถ์อัสสัมชัญ ทำหน้าที่ปกครองมิสซังและงานประกาศสอนศาสนาของบรรดามิชชันนารี เห็นว่าสามเณราลัยซึ่งตั้งอยู่ใกล้ ๆ โบสถ์อัสสัมชัญเก่าชำรุดทรุดโทรมมาก และไม่มีที่เพียงพอสำหรับสามเณร จึงจำเป็นต้องสร้างหลังใหม่ขึ้นสำหรับมิสซังสยาม การสร้างสามเณราลัยเป็นไปด้วยความยากลำบากเพราะขาดทุนทรัพย์ จำเป็นต้องขอยืมเงินจำนวนมาก จึงสร้างได้สำเร็จ นอกจากสามเณราลัยแล้ว พระสังฆราชปัลเลอกัวซ์ยังสร้างอารามนักบวชหญิงเพื่อเพิ่มจำนวนภคินีให้ช่วยสอนในโรงเรียนของมิสซังที่อยู่ตามโบสถ์ต่าง ๆ ตลอดจนสอนหญิงสาวผู้ต้องการเข้านับถือศาสนาคาทอลิกด้วย