ต่อมาในปี ค.ศ. 1686 (พ.ศ. 2229) นายคอนสแตนติน ฟอลคอน (Constantin Phaulkon) ผู้ดำรงตำแหน่งเสนาบดีกิจการต่างประเทศได้แสดงตนเป็นมิตรกับคณะมิชชันนารีชาวฝรั่งเศสได้มาเยี่ยมวิทยาลัยที่มหาพราหมณ์และเสนอให้วิทยาลัยกลับไปยังกรุงศรีอยุธยาโดยสร้างตึกใหม่ให้ และให้ชื่อว่า “วิทยาลัยคอนสแตนติน” (Constantine College) ครั้นถึงช่วงระยะปี ค.ศ. 1688 ถึง 1690 (พ.ศ. 2231 - 2233) ซึ่งเป็นช่วงที่สมเด็จพระนารายณ์สิ้นพระชนม์แล้ว และคอนสแตนติน ฟอลคอนหมดอำนาจ วิทยาลัยคอนสแตนตินจึงต้องหยุดดำเนินการ เพราะบรรดามิชชันนารีถูกจับขังคุก ครั้นได้รับการปลดปล่อยในเดือนสิงหาคม ค.ศ. 1690 จึงกลับไปเปิดดำเนินการวิทยาลัยที่มหาพราหมณ์อีกวาระหนึ่ง จนกระทั่งเกิดสงครามระหว่างสยามกับพม่า วิทยาลัยที่มหาพราหมณ์ถูกไฟไหม้จึงต้องย้ายกลับสู่กรุงศรีอยุธยา ใน ค.ศ. 1760 (พ.ศ. 2303) อย่างไรก็ตามสถานการณ์ยังไม่ปลอดภัย เพราะทหารพม่ายังอยู่ไม่ไกลจากกรุงศรีอยุธยา ใน ค.ศ. 1765 (พ.ศ. 2308) บรรดามิชชันนารีจึงตัดสินใจนำครูและนักเรียนอพยพไปยังเมืองจันทบุรี แต่ในประเทศไทยขณะนั้นยังมีปัญหาการรุกรานของพม่า และปัญหาการเมืองภายในประเทศ ในที่สุดจึงตัดสินใจให้อธิการวิทยาลัยนำนักศึกษาที่มีอยู่ขณะนั้น 41 คน เดินทางไปยังประเทศอินเดียใน ค.ศ. 1769 (พ.ศ. 2312) ไปพำนักที่เมืองพอนดิเชรี (Pondichery) และเปิดวิทยาลัย ณ เมืองแห่งนี้ ซึ่งมีความสงบ แต่เกิดปัญหาใหม่ที่สำคัญ คือ ไม่มีนักศึกษาสมัครเข้าเรียนเพียงพอ ในที่สุดวิทยาลัยก็ต้องปิดลงใน ค.ศ. 1783 จนกว่าจะหาที่ที่เหมาะสมได้ใหม่ในที่สุดปี ค.ศ. 1806 (พ.ศ. 2349) วิทยาลัยของมิชชันนารีฝรั่งเศสสังกัดมิสซังต่างประเทศแห่งกรุงปารีสก็ได้เปิดดำเนินการอีกครั้งหนึ่ง ณ เกาะปีนัง (Penang) ซึ่งเคยเป็นอาณานิคมของประเทศอังกฤษ และในขณะนั้นมีเสรีภาพและความสงบ วิทยาลัยที่ปีนังดำรงอยู่ต่อมาจนปัจจุบันในฐานะที่เป็นวิทยาลัยผลิตบาทหลวงในภูมิภาคเอเชียตะวันออกไกล (Far East Asia) และเมื่อ ค.ศ. 1965 (พ.ศ. 2508) วิทยาลัยแห่งนี้ได้เฉลิมฉลองสามร้อยปีนับเป็นวิทยาลัยที่ประสบความสำเร็จในการผลิตบาทหลวงในภูมิภาคนี้ และเป็นแบบอย่างของวิทยาลัยที่เกิดขึ้นมาในระยะหลัง

     สำหรับประเทศไทย เมื่อวิทยาลัย (General College) ซึ่งดำเนินกิจการมาเป็นเวลายาวนานถึง 104 ปี (ค.ศ. 1665 - 1769) ในกรุงศรีอยุธยาท่ามกลางปัญหาทั้งทางการเมืองการสงครามและอื่น ๆ ต้องปิดลง บรรดามิชชันนารีก็ออกไปดำเนินการเปิดสถานศึกษาในลักษณะเดียวกันในจังหวัดอื่นๆ เช่น จันทบุรี ใน ค.ศ. 1786 (พ.ศ. 2329) และที่กรุงเทพฯใน ค.ศ. 1788 (พ.ศ. 2331)

     วิทยาลัยมีจุดประสงค์หลักที่ชัดเจนคือ เป็นสถาบันสำหรับฝึกอบรมให้ผู้เรียนเป็นบาทหลวงคาทอลิก และจัดการศึกษาให้ความรู้วิทยาการสมัยใหม่และศาสนาแก่นักเรียนนักศึกษาผู้สนใจ โดยจัดการศึกษาตามแบบสถาบันการศึกษาในยุโรปสมัยนั้น คือ แบ่งออกเป็น3 ระดับ ระดับเบื้องต้น (Elementary school) เทียบเท่าระดับประถมศึกษาระดับล่าง (Lower school) เทียบเท่าระดับมัธยมศึกษา และระดับสูง (Upper school) เทียบเท่าระดับอุดมศึกษา การจัดการเรียนการสอนใช้ภาษาละตินเป็นหลัก เช่นเดียวกับสถาบันการศึกษาในยุโรปสมัยนั้น ภาษาฝรั่งเศสใช้เป็นภาษาติดต่อสื่อสาร เพราะคณะมิชชันนารีผู้สอนหลักเป็นชาวฝรั่งเศส นอกจากนั้นยังใช้ภาษาของนักศึกษาแต่ละชาติ รวมทั้งภาษาไทยด้วย

     นับตั้งแต่เริ่มดำเนินการเปิดวิทยาลัย คณะมิชชันนารีได้ให้ความสำคัญแก่วิทยาลัยเป็นอย่างมากจนถือได้ว่าการจัดการศึกษาในวิทยาลัยเป็นภารกิจอันดับแรกของภารกิจทั้งหมด เป็นการจัดการศึกษาอย่างเป็นระบบตามแบบวิทยาลัยการศึกษาของยุโรปทั้งในด้านหลักสูตร กระบวนการเรียนการสอน กิจวัตรและกิจกรรมทางการศึกษาของผู้เรียน ถือได้ว่ากระบวนการศึกษาในรูปแบบนั้นได้กลายเป็นรากฐานของการจัดการศึกษาในระบบโรงเรียนคาทอลิกของสังคมไทยในยุคต่อมา