สมัยกรุงศรีอยุธยา
เป็นที่ยอมรับกันว่า การศึกษาคาทอลิกในประเทศไทยได้มีการจัดการอย่างเป็นทางการในปี ค.ศ. 1665 (พ.ศ.2208) โดยคณะมิชชันนารีชาวฝรั่งเศส สังกัดคณะมิสซังต่างประเทศแห่งกรุงปารีส (Missions Etrang ères de Paris : MEP) ผู้เดินทางมาสู่ราชอาณาจักรสยาม เพื่อเผยแผ่คริสต์ศาสนา และได้รับพระบรมราชานุญาตจากสมเด็จพระนารายณ์ให้จัดตั้งวิทยาลัย (Collegium) ที่บริเวณบ้านปลาเห็ดในกรุงศรีอยุธยาเมืองหลวงของราชอาณาจักร และโปรดเกล้าฯ ให้นักเรียนชายชาวไทย 10 คน เป็นนักเรียนรุ่นแรกศึกษาเรียนรู้วิทยาการของชาวยุโรป หลักสูตรการศึกษาสอนด้วยภาษาละตินภาษาฝรั่งเศส และภาษาสยาม อำนวยการสอนโดยพระสังฆราชลังแบรต์ เดอ ลา มอตต์ (Lambert de la Motte) และคณะมิชชันนารี อย่างไรก็ตาม การศึกษาคาทอลิกในประเทศได้เริ่มมาก่อนหน้านี้ถึง 10 ปี จากหลักฐานทางประวัติศาสตร์ โรงเรียนคาทอลิกแห่งแรกในประเทศไทยตั้งขึ้นเมื่อปี ค.ศ.1655(พ.ศ. 2198) โดยบาทหลวงโทมัส เดอ วัลกัวร์เนรา (Thomas de Valguarnera) ชาวอิตาเลียน
บาทหลวงเดอ วัลกัวร์เนรา ใช้ชีวิตอยู่ในราชอาณาจักรสยามในช่วงแรกเป็นเวลา 15 ปี ได้เรียนรู้ภาษาไทยเป็นอย่างดี และถึงแม้ว่าจะมีความสามารถและบทบาทสำคัญ ในฐานะเป็นสถาปนิก จนได้รับแต่งตั้งเป็นสถาปนิกประจำราชสำนักของสมเด็จพระนารายณ์ แต่บาทหลวงเดอ วัลกัวร์เนรา ก็มีความตั้งใจแน่วแน่ที่จะสร้างโรงเรียนเพื่อให้การศึกษาแก่เด็กชายที่อาศัยอยู่บริเวณบ้านพักของบาทหลวง ซึ่งส่วนใหญ่เป็นเด็กชาวโปรตุเกส ชาวเวียดนามจากตังเกี๋ย และชาวจีน โรงเรียนที่สร้างขึ้นบริเวณบ้านพักเป็นโรงเรียนเล็กและเรียบง่าย แต่มีการเรียนการสอนโดยบาทหลวง 4 ท่าน และภราดาอีก 1 ท่าน นอกจากลูกหลานของคาทอลิกแล้ว ผู้คนที่ไม่ได้นับถือศาสนาคาทอลิกก็ส่งลูกหลานมาเรียนที่โรงเรียนนี้ด้วย ต่อมาใน ค.ศ.1659 (พ.ศ.2202) บาทหลวงเดอ วัลกัวร์เนรา ได้รับการสนับสนุนทางการเงินจากชาวโปรตุเกสผู้ร่ำรวย ชื่อ เซบัสเตา อันเดร ดา ปอนเต (Sebastao Andre da Ponte) ผู้อพยพมาจากเมืองมาเก๊า จึงสามารถสร้างเรือนหลังใหญ่ ขยับขยายบ้านพักบาทหลวงและโรงเรียน จนสามารถดำเนินกิจการของโรงเรียนอย่างเต็มที่ใน ค.ศ.1661 (พ.ศ.2204) นับเป็นจุดเริ่มต้นการศึกษาคาทอลิกครั้งแรกในกรุงศรีอยุธยา เป็นการจัดการศึกษาระดับประถมศึกษาสำหรับเด็กชายชาวโปรตุเกส และชาวต่างชาติอื่น ๆ ที่นับถือคริสต์ศาสนาแต่ก็เปิดสอนให้แก่เด็กไทยด้วย การเรียนคำสอนของศาสนาคริสต์เป็นการบังคับให้ทุกคนเรียนแต่ไม่บังคับให้รับศีลล้างบาป
ครั้นต่อมาในวันที่ 30 มิถุนายน ค.ศ. 1662 (พ.ศ. 2205) คณะมิชชันนารีชาวฝรั่งเศส สังกัดมิสซังต่างประเทศแห่งกรุงปารีส (Missions Etrang ères de Paris :MEP) ได้เดินทางเข้ามายังกรุงศรีอยุธยา ประกอบด้วยพระสังฆราชลังแบรต์ เดอ ลา มอตต์ (Mgr Lambert de la Motte) บาทหลวงจาคส์ เดอ บูร์จ (Jacques de Bourges) และบาทหลวงฟรังซัวส์ เดย์ดิเอร์ (Fran çois Deydier) ด้วยจุดประสงค์ที่จะเดินทางต่อไปยังประเทศจีน แต่เมื่อได้รับข่าวว่าประเทศจีนในขณะนั้นไม่ยอมรับชาวต่างชาติ จึงตัดสินใจพำนักอยู่ที่กรุงศรีอยุธยา ปรากฏว่ากรุงศรีอยุธยาในขณะนั้นมีบาทหลวงและนักบวชอยู่ 11 ท่าน และคาทอลิกประมาณ 2,000 คน พระสังฆราชลังแบรต์ เดอ ลา มอตต์ ได้รับการต้อนรับจากหมู่บ้านของชาวดัตช์ (Dutch Camp) และได้พบกับชาวจีนและชาวเวียดนามซึ่งเป็นคาทอลิก จึงเรียนภาษา และเริ่มไปเยี่ยมหมู่บ้านของชาวเวียดนามและชาวญี่ปุ่นซึ่งได้รับการต้อนรับอย่างดีจากชาวบ้านที่นับถือศาสนาคาทอลิกและหลบหนีออกจากประเทศของตนมาอยู่ในประเทศสยามเพราะสาเหตุแห่งศาสนา พระสังฆราชลังแบรต์ เดอ ลา มอตต์ และบาทหลวงทั้งสองได้ตัดสินใจพำนักอยู่ในหมู่บ้านของชาวเวียดนามเมื่อสมเด็จพระนารายณ์ทรงทราบข่าวว่าพวกมิชชันนารีชาวฝรั่งเศสตั้งบ้านเรือนอยู่เพื่อสอนวิชาให้แก่ชาวบ้าน จึงมีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ ให้ส่งคนไทยจำนวน 10 คนไปร่วมเรียนด้วย และพระราชทานพระบรมราชานุญาตให้เทศนาสั่งสอนได้ตามความพอใจ ไปไหนมาไหนได้ทุกแห่ง ยกเว้นแต่ในพระราชวังเท่านั้น พระสังฆราชลังแบรต์เดอ ลา มอตต์ จึงได้เขียนจดหมายถวายเพื่อขอพระราชทานที่ดินสำหรับปลูกสร้างโรงเรียนและวัด สมเด็จพระนารายณ์จึงได้พระราชทานที่ดินที่บ้านปลาเห็ด สำหรับเป็นที่พักอาศัยให้สร้างโบสถ์ บ้านพัก และโรงเรียน โดยระบุว่า “ในประเทศนี้บรรดาชาวต่างประเทศต่าง ๆได้อาศัยอยู่ด้วยกันเป็นหมู่ๆ เรียกว่า “ค่าย” เพราะฉะนั้นที่อยู่ของคณะบาทหลวงชาวฝรั่งเศสจึงได้ให้ชื่อว่า “ค่ายนักบุญโยเซฟ” (Joseph Camp) พระสังฆราชลังแบรต์ เดอ ลา มอตต์ จึงให้สร้างอาคารสองชั้นขึ้นหลังหนึ่ง ชั้นบนใช้เป็นวัดน้อย ชั้นล่างใช้เป็นห้องเรียน จึงถือว่าเป็นการสร้างโรงเรียนคาทอลิกแห่งแรกในประเทศไทย สมัยกรุงศรีอยุธยา ในปี ค.ศ. 1665 (พ.ศ. 2208) ใช้ชื่อว่า วิทยาลัย (Collegium / General College) จุดมุ่งหมายเพื่อให้การศึกษาอบรมเด็กชาย เพื่อให้เป็นสามเณรและบวชเป็นบาทหลวง แต่ก็รับเด็กชายอื่น ๆ ตั้งแต่อายุ 10 ขวบเป็นต้นไปเข้าเรียนด้วย นับว่ามีลักษณะที่คล้ายคลึงกับการปฏิบัติในสยามขณะนั้นคือเด็กชายจะเข้าเรียนระดับประถมศึกษาในวัด และเมื่อโตขึ้นก็เรียนต่อเพื่อเป็นสามเณรและเป็นพระสงฆ์ ในปีต่อมาจึงได้สร้างอาคารอีกหลังหนึ่ง ซึ่งได้ชื่อว่าเป็นอาคารที่งดงามที่สุดแห่งหนึ่งในกรุงศรีอยุธยา ชื่อว่า “วิทยาเขตเซนต์โยเซฟ” (St.Joseph Campus) ซึ่งรวมสำนักงานของพระสังฆราช ที่พักของบาทหลวง ที่พำนักของบาทหลวงผู้มาเยือนโบสถ์ โรงเรียนของสามเณร และเพิ่มโรงเรียนระดับประถมศึกษาด้วย
ครั้นต่อมาใน ค.ศ. 1679 (พ.ศ. 2222) วิทยาลัยที่บ้านปลาเห็ดได้ย้ายออกไปยังมหาพราหมณ์ ซึ่งตั้งอยู่ริมแม่น้ำ ทางเหนือของกรุงศรีอยุธยาราว 2 ไมล์ สาเหตุที่ย้ายเพราะวิทยาลัยที่บ้านปลาเห็ดตั้งอยู่ในบริเวณที่มีกิจกรรมหลากหลาย ทั้งที่ทำงานของพระสังฆราชที่พักของบาทหลวง และผู้มาเยือน โบสถ์ ฯลฯ ซึ่งมีผู้คนเยี่ยมเยียนจำนวนมาก จึงไม่มีบรรยากาศที่เหมาะสมกับการเรียน
ต่อมาในปี ค.ศ. 1686 (พ.ศ. 2229) นายคอนสแตนติน ฟอลคอน (Constantin Phaulkon) ผู้ดำรงตำแหน่งเสนาบดีกิจการต่างประเทศได้แสดงตนเป็นมิตรกับคณะมิชชันนารีชาวฝรั่งเศสได้มาเยี่ยมวิทยาลัยที่มหาพราหมณ์และเสนอให้วิทยาลัยกลับไปยังกรุงศรีอยุธยาโดยสร้างตึกใหม่ให้ และให้ชื่อว่า “วิทยาลัยคอนสแตนติน” (Constantine College) ครั้นถึงช่วงระยะปี ค.ศ. 1688 ถึง 1690 (พ.ศ. 2231 - 2233) ซึ่งเป็นช่วงที่สมเด็จพระนารายณ์สิ้นพระชนม์แล้ว และคอนสแตนติน ฟอลคอนหมดอำนาจ วิทยาลัยคอนสแตนตินจึงต้องหยุดดำเนินการ เพราะบรรดามิชชันนารีถูกจับขังคุก ครั้นได้รับการปลดปล่อยในเดือนสิงหาคม ค.ศ. 1690 จึงกลับไปเปิดดำเนินการวิทยาลัยที่มหาพราหมณ์อีกวาระหนึ่ง จนกระทั่งเกิดสงครามระหว่างสยามกับพม่า วิทยาลัยที่มหาพราหมณ์ถูกไฟไหม้จึงต้องย้ายกลับสู่กรุงศรีอยุธยา ใน ค.ศ. 1760 (พ.ศ. 2303) อย่างไรก็ตามสถานการณ์ยังไม่ปลอดภัย เพราะทหารพม่ายังอยู่ไม่ไกลจากกรุงศรีอยุธยา ใน ค.ศ. 1765 (พ.ศ. 2308) บรรดามิชชันนารีจึงตัดสินใจนำครูและนักเรียนอพยพไปยังเมืองจันทบุรี แต่ในประเทศไทยขณะนั้นยังมีปัญหาการรุกรานของพม่า และปัญหาการเมืองภายในประเทศ ในที่สุดจึงตัดสินใจให้อธิการวิทยาลัยนำนักศึกษาที่มีอยู่ขณะนั้น 41 คน เดินทางไปยังประเทศอินเดียใน ค.ศ. 1769 (พ.ศ. 2312) ไปพำนักที่เมืองพอนดิเชรี (Pondichery) และเปิดวิทยาลัย ณ เมืองแห่งนี้ ซึ่งมีความสงบ แต่เกิดปัญหาใหม่ที่สำคัญ คือ ไม่มีนักศึกษาสมัครเข้าเรียนเพียงพอ ในที่สุดวิทยาลัยก็ต้องปิดลงใน ค.ศ. 1783 จนกว่าจะหาที่ที่เหมาะสมได้ใหม่ในที่สุดปี ค.ศ. 1806 (พ.ศ. 2349) วิทยาลัยของมิชชันนารีฝรั่งเศสสังกัดมิสซังต่างประเทศแห่งกรุงปารีสก็ได้เปิดดำเนินการอีกครั้งหนึ่ง ณ เกาะปีนัง (Penang) ซึ่งเคยเป็นอาณานิคมของประเทศอังกฤษ และในขณะนั้นมีเสรีภาพและความสงบ วิทยาลัยที่ปีนังดำรงอยู่ต่อมาจนปัจจุบันในฐานะที่เป็นวิทยาลัยผลิตบาทหลวงในภูมิภาคเอเชียตะวันออกไกล (Far East Asia) และเมื่อ ค.ศ. 1965 (พ.ศ. 2508) วิทยาลัยแห่งนี้ได้เฉลิมฉลองสามร้อยปีนับเป็นวิทยาลัยที่ประสบความสำเร็จในการผลิตบาทหลวงในภูมิภาคนี้ และเป็นแบบอย่างของวิทยาลัยที่เกิดขึ้นมาในระยะหลัง
สำหรับประเทศไทย เมื่อวิทยาลัย (General College) ซึ่งดำเนินกิจการมาเป็นเวลายาวนานถึง 104 ปี (ค.ศ. 1665 - 1769) ในกรุงศรีอยุธยาท่ามกลางปัญหาทั้งทางการเมืองการสงครามและอื่น ๆ ต้องปิดลง บรรดามิชชันนารีก็ออกไปดำเนินการเปิดสถานศึกษาในลักษณะเดียวกันในจังหวัดอื่นๆ เช่น จันทบุรี ใน ค.ศ. 1786 (พ.ศ. 2329) และที่กรุงเทพฯใน ค.ศ. 1788 (พ.ศ. 2331)
วิทยาลัยมีจุดประสงค์หลักที่ชัดเจนคือ เป็นสถาบันสำหรับฝึกอบรมให้ผู้เรียนเป็นบาทหลวงคาทอลิก และจัดการศึกษาให้ความรู้วิทยาการสมัยใหม่และศาสนาแก่นักเรียนนักศึกษาผู้สนใจ โดยจัดการศึกษาตามแบบสถาบันการศึกษาในยุโรปสมัยนั้น คือ แบ่งออกเป็น3 ระดับ ระดับเบื้องต้น (Elementary school) เทียบเท่าระดับประถมศึกษาระดับล่าง (Lower school) เทียบเท่าระดับมัธยมศึกษา และระดับสูง (Upper school) เทียบเท่าระดับอุดมศึกษา การจัดการเรียนการสอนใช้ภาษาละตินเป็นหลัก เช่นเดียวกับสถาบันการศึกษาในยุโรปสมัยนั้น ภาษาฝรั่งเศสใช้เป็นภาษาติดต่อสื่อสาร เพราะคณะมิชชันนารีผู้สอนหลักเป็นชาวฝรั่งเศส นอกจากนั้นยังใช้ภาษาของนักศึกษาแต่ละชาติ รวมทั้งภาษาไทยด้วย
นับตั้งแต่เริ่มดำเนินการเปิดวิทยาลัย คณะมิชชันนารีได้ให้ความสำคัญแก่วิทยาลัยเป็นอย่างมากจนถือได้ว่าการจัดการศึกษาในวิทยาลัยเป็นภารกิจอันดับแรกของภารกิจทั้งหมด เป็นการจัดการศึกษาอย่างเป็นระบบตามแบบวิทยาลัยการศึกษาของยุโรปทั้งในด้านหลักสูตร กระบวนการเรียนการสอน กิจวัตรและกิจกรรมทางการศึกษาของผู้เรียน ถือได้ว่ากระบวนการศึกษาในรูปแบบนั้นได้กลายเป็นรากฐานของการจัดการศึกษาในระบบโรงเรียนคาทอลิกของสังคมไทยในยุคต่อมา
นอกจากวิทยาลัย (General College) ที่กรุงศรีอยุธยาแล้ว คณะมิชชันนารียังได้ออกไปประกาศศาสนาตามเมืองต่าง ๆ ในประเทศสยามและได้จัดตั้งโรงเรียนขึ้นอีกหลายแห่งสำหรับนักเรียนชาย และในระยะต่อมาได้เริ่มมีโรงเรียนสำหรับนักเรียนหญิงด้วยโรงเรียนดังกล่าวนี้สร้างขึ้นในบริเวณใกล้โบสถ์คาทอลิก หรือมีโบสถ์คาทอลิกเป็นศูนย์กลางเช่น ที่จังหวัดภูเก็ต และตะนาวศรี ใน ค.ศ. 1671 (พ.ศ. 2214) จังหวัดลพบุรี ใน ค.ศ. 1673 (พ.ศ. 2216) ที่บางกอก ใน ค.ศ. 1674 (พ.ศ. 2217) ตั้งอยู่ใกล้กับโบสถ์แม่พระปฏิสนธินิรมลที่สามเสน นอกจากนั้นก็ยังมีที่พิษณุโลก ใน ค.ศ. 1675 (พ.ศ. 2218) และที่จันทบุรีใน ค.ศ. 1707 (พ.ศ. 2250) โรงเรียนทั้งหลายดังกล่าวนี้เป็นโรงเรียนที่ตั้งขึ้นเพื่อให้บริการด้านการศึกษาแก่บุคคลทั่วไป จึงถือว่าเป็นโรงเรียนตามความหมายทั่วไป และถือว่าเป็นโรงเรียนเอกชนคาทอลิก
สำหรับการศึกษาของสตรีนั้น ประเทศสยามสมัยกรุงศรีอยุธยามีการจัดการศึกษาโดยแบ่งออกเป็นสองสำนักคือ การศึกษาในพระราชวัง ดำเนินการสอนโดยพราหมณ์และการศึกษาในวัด ดำเนินการสอนโดยพระภิกษุ เด็กผู้หญิงและสตรีไม่ได้รับการศึกษาเล่าเรียนแบบผู้ชาย แต่จะฝึกฝนเรียนรู้เกี่ยวกับงานบ้านเรือนทุกอย่างภายในบ้าน
ครั้นเมื่อคณะมิชชันนารีเข้ามาจัดตั้งวิทยาลัย (General College) เป็นที่ตระหนักว่าเป็นกฎของพระศาสนจักรในขณะนั้นไม่ให้เด็กชายและเด็กหญิงเรียนรวมกัน คณะมิชชันนารีจึงเริ่มคิดถึงการจัดตั้งคณะนักบวชหญิง เพื่อจะได้ให้การศึกษาอบรมเด็กและเยาวชนหญิง และได้ตั้งคณะนักบวชหญิงขึ้นเป็นคณะแรกในกรุงศรีอยุธยา เมื่อ ค.ศ. 1672 (พ.ศ. 2215) ใช้ชื่อว่า “คณะรักกางเขน” (Lovers of the Cross หรือในภาษาฝรั่งเศสชื่อ Amantes de la Croix) สองปีหลังจากนั้นจึงได้มีการเปิดโรงเรียนสตรีขึ้นที่กรุงศรีอยุธยาและตะนาวศรี ภารกิจหลักของนักบวชหญิงคณะรักกางเขน คือ ช่วยเหลือบาทหลวงดูแลวัด และผู้ที่มีความสามารถที่สุดจะได้รับเลือกให้เป็นครูสอนหนังสือในโรงเรียนของมิชชันนารีผู้ที่ได้รับการศึกษาอบรมจากนักบวชหญิงคณะนี้นอกจากเด็กหญิงแล้ว ยังมีกลุ่มสตรีผู้สนใจอยากเรียนรู้ศาสนาคริสต์ สตรีคาทอลิก ตลอดจนเยาวชนหญิง และแม่บ้าน มีการปรับการสอนให้สอดคล้องกับผู้เรียน สำหรับเด็กและเยาวชนหญิงสอนให้อ่าน เขียน ขับร้องเพลงเลขคณิตเบื้องต้น ทำอาหาร เย็บปักถักร้อย และงานบ้าน สำหรับบรรดาสตรี มีการสอนการดูแลบ้าน และคำสอนสำหรับทุกคน