สมัยกรุงธนบุรี และกรุงรัตนโกสินทร์ตอนต้น

     ดังที่ได้กล่าวมาแล้ว การสิ้นพระชนม์ของสมเด็จพระนารายณ์ใน ค.ศ. 1688 (พ.ศ. 2231) ทำให้การเผยแผ่ศาสนาของบรรดามิชชันนารี ตลอดจนการดำเนินกิจการของวิทยาลัยและโรงเรียนในกรุงศรีอยุธยายุติลง เพราะสาเหตุทางการเมือง พระสังฆราชลาโน (Laneau) และมิชชันนารีอีก 4 ท่านถูกจับขังคุก ต่อมาเมื่อเกิดสงครามกับพม่า และกรุงศรีอยุธยาถูกทำลายลง ใน ค.ศ. 1767 (พ.ศ. 2310) จึงเป็นช่วงระยะที่บรรดามิชชันนารีต้องอพยพออกจากประเทศสยามและกลับเข้ามาใหม่ในสมัยพระเจ้าตากสินมหาราช ผู้ทรงกอบกู้เอกราช และสถาปนากรุงธนบุรีเป็นราชธานี ดังเช่นบาทหลวงคอรร์ (Corre) ซึ่งลี้ภัยไปพำนักอยู่ในประเทศเขมร ได้เดินทางกลับสู่ประเทศสยาม ใน ค.ศ. 1769 (พ.ศ. 2312) พร้อมด้วยคริสตชน 4 คน เป็นคนญวน 3 คน และคนไทย 1 คน และได้รับการต้อนรับอย่างดีจากพระเจ้าตากสินมหาราช พร้อมทั้งพระราชทานที่ดินแปลงหนึ่งให้สร้างโบสถ์ คือโบสถ์ซางตาครู้ส ซึ่งท่านได้ใช้เป็นสถานที่สอนคำสอน และอภิบาลคริสตชนและจัดตั้งโรงเรียนสามเณราลัย (Seminary) ขนาดเล็ก โดยซ่อมแซมโรงเรียนสามเณรเดิมที่มีอยู่ และเปิดสอนนักเรียนซึ่งขณะนั้นมีอยู่เพียง 5 - 6 คน
     เมื่อกลับมายังประเทศสยามอีกครั้งหนึ่ง บรรดามิชชันนารีก็เริ่มลงมือทำงานทันทีโดยเปิดโรงเรียนสอนเด็กไทยให้รู้หนังสือควบคู่ไปกับการสอนศาสนาแก่ผู้ที่สนใจ นอกจากนั้นยังได้อบรมนักบวชหญิงเพื่อปฏิบัติหน้าที่ให้การศึกษาสตรี และเด็กหญิงในสถานศึกษา ซึ่งอยู่ตามโบสถ์ต่าง ๆ เรียกว่า “Parish schools” นักบวชหญิงหรือภคินีคณะรักกางเขนจึงเพิ่มจำนวนมากขึ้น และมุ่งทำหน้าที่หลักในการสอนเด็กและเยาวชนหญิง นอกจากนี้ ยังเตรียมผู้ที่จะรับศีลล้างบาป รับศีลมหาสนิทครั้งแรก รวมถึงศีลสมรสด้วย ปรากฏว่ามีผู้สนใจเรียนและรับการอบรมมากขึ้นตามลำดับ ส่วนใหญ่ยังคงเป็นชาวต่างชาติที่เกิดในประเทศสยามหรือมาจากประเทศเพื่อนบ้านใกล้เคียง ทั้งชายและหญิงและมีผู้ที่เข้ามารับการศึกษาที่สามเณราลัย เพื่อเตรียมตัวเป็นบาทหลวงด้วย แต่ในที่สุดกิจการทั้งหลายก็ต้องเลิกล้มไปอีกครั้งหนึ่งเพราะคณะมิชชันนารีไม่เป็นที่พอพระทัยของสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชจึงถูกขับไล่ออกจากประเทศสยาม

     ครั้นพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชได้ทรงสถาปนากรุงรัตนโกสินทร์เป็นราชธานีใหม่ เมื่อ ค.ศ. 1782 (พ.ศ. 2325) ได้มีพระบรมราชโองการให้พระสังฆราชและบรรดามิชชันนารีที่ถูกเนรเทศกลับเข้ามายังประเทศสยาม ด้วยมีพระราชประสงค์จะรื้อฟื้นความสัมพันธ์กับชาวต่างชาติ

     ต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 3 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ ค.ศ. 1824 - 1851 (พ.ศ. 2367 - 2394) ซึ่งเป็นช่วงที่ประเทศในยุโรปออกล่าอาณานิคม ทรงเกรงภัยจากการล่าอาณานิคมของมหาอำนาจตะวันตกโดยเฉพาะอังกฤษและเริ่มไม่ไว้ใจบรรดามิชชันนารี และมีการดูแลกวดขันเพิ่มขึ้น เช่นเมื่อจะเดินทางออกนอกกรุงเทพฯ มิชชันนารีจะต้องมีหนังสืออนุญาต ถ้าไม่มีอาจถูกจับ และนำกลับไปเมืองหลวง

โดยใช้กำลังบังคับ อย่างไรก็ตามบรรดามิชชันนารีก็ดำเนินกิจการด้านการให้การศึกษาอบรมคริสตชนทั้งชาวต่างประเทศ และชาวสยามด้วยความวิริยะอุตสาหะ ครั้นถึงสมัยของพระสังฆราช คูร์เวอซี (Courvezy) ค.ศ. 1834-1841 (พ.ศ. 2377-2384) ผู้ประกาศนโยบายจัดตั้งโรงเรียนประถมศึกษาให้เป็นภารกิจสำคัญที่บรรดามิชชันนารีจะต้องปฏิบัติในการให้การศึกษาคนไทยควบคู่ไปกับงานแพร่ธรรม บรรดามิชชันนารีและบาทหลวงชาวไทย จึงได้พยายามเปิดโรงเรียนประถมศึกษาขึ้นตามโบสถ์ต่าง ๆ ทุกแห่ง เป็นโรงเรียนสำหรับเด็กชายและเด็กหญิง จัดการศึกษาแบบให้เปล่า แต่ปัญหาที่ประสบคือการหาครูดี ๆ มาเป็นผู้สอนอย่างไรก็ตามปรากฏว่าภคินีคณะรักกางเขนได้เป็นผู้ช่วยที่ดีเยี่ยมสำหรับโรงเรียนเด็กหญิงส่วนเด็กชายมีครูฆราวาส ซึ่งได้รับการอบรมที่สามเณราลัยมาก่อนมาช่วยสอน ปัญหาอีกประการหนึ่ง คือบรรดาพ่อแม่ไม่ค่อยให้ความร่วมมือในการส่งลูกมาเรียน แม้จะเป็นการจัดแบบให้เปล่าก็ตาม นอกจากการเปิดโรงเรียนระดับประถมศึกษาซึ่งถือว่าเป็นเรื่อง
สำคัญแล้ว พระสังฆราชคูร์เวอซี ยังสร้างโบสถ์ขึ้นใหม่หลายแห่ง เช่น โบสถ์คอนเซ็ปชัญในปี ค.ศ. 1834 (พ.ศ. 2337) และโบสถ์ที่จันทบุรี ในปี ค.ศ. 1838 (พ.ศ. 2381)

     เมื่อพระสังฆราชปัลเลอกัวซ์ (Pallegoix) ได้รับตำแหน่งต่อจากพระสังฆราชคูร์เวอซี ในปี ค.ศ. 1841 (พ.ศ. 2384) ปรากฏว่าในประเทศสยามมีมิชชันนารีชาวยุโรป7 องค์ บาทหลวงพื้นเมือง 5 องค์ ภคินีคณะรักกางเขน 20 รูป คริสตชนทั้งชาวต่างชาติและชาวไทยประมาณ 4,000 คนแบ่งกันอยู่ตามโบสถ์ 6 โบสถ์ คือ โบสถ์นักบุญฟรังซิสเซเวียร์ 1,700 คน โบสถ์คอนเซ็ปชัญ 700 คน โบสถ์ซางตาครู้ส 500 คน โบสถ์แม่พระลูกประคำ 500 คน โบสถ์ที่อยุธยา 500 คน และโบสถ์ที่จันทบุรี 500 คน และยังมีกลุ่มคริสตชนในต่างจังหวัดอีกจำนวนหนึ่ง(16) ทุกแห่งที่มีคริสตชนอาศัยอยู่รวมกันเรียกว่า “ค่ายคริสตัง” และในแต่ละค่ายจะมีโรงเรียนเปิดรับเด็ก แต่จะมีเด็กทั้งชายและหญิงมาเรียนจำนวนน้อย เช่นที่กรุงเทพฯ มีนักเรียนมาเรียนในโรงเรียนคาทอลิกเพียง 450 คน

     ใน ค.ศ. 1847 (พ.ศ. 2390) พระสังฆราชปัลเลอกัวซ์ ซึ่งพำนักอยู่ที่โบสถ์อัสสัมชัญ ทำหน้าที่ปกครองมิสซังและงานประกาศสอนศาสนาของบรรดามิชชันนารี เห็นว่าสามเณราลัยซึ่งตั้งอยู่ใกล้ ๆ โบสถ์อัสสัมชัญเก่าชำรุดทรุดโทรมมาก และไม่มีที่เพียงพอสำหรับสามเณร จึงจำเป็นต้องสร้างหลังใหม่ขึ้นสำหรับมิสซังสยาม การสร้างสามเณราลัยเป็นไปด้วยความยากลำบากเพราะขาดทุนทรัพย์ จำเป็นต้องขอยืมเงินจำนวนมาก จึงสร้างได้สำเร็จ นอกจากสามเณราลัยแล้ว พระสังฆราชปัลเลอกัวซ์ยังสร้างอารามนักบวชหญิงเพื่อเพิ่มจำนวนภคินีให้ช่วยสอนในโรงเรียนของมิสซังที่อยู่ตามโบสถ์ต่าง ๆ ตลอดจนสอนหญิงสาวผู้ต้องการเข้านับถือศาสนาคาทอลิกด้วย

     กล่าวโดยสรุปในช่วงต้นของกรุงรัตนโกสินทร์เป็นช่วงของการฟื้นฟู บรรดามิชชันนารีทำงานหนักและต่อเนื่อง ได้แสวงหาวิธีในการจัดการศึกษา และสอนศาสนาให้แก่ชาวไทยและชาวต่างชาติที่อาศัยอยู่ในแผ่นดินสยาม ในที่สุดได้ค้นพบว่าการจัดการศึกษาระดับประถมศึกษาเป็นนโยบายที่สำคัญ จึงถือว่าเป็นหน้าที่ของมิชชันนารีทุกคนที่จะเปิดโรงเรียนระดับประถมขึ้นในทุกโบสถ์ ทั้งในเมืองหลวงและต่างจังหวัด
พระสังฆราชปัลเลอกัวซ์ได้ให้รายละเอียดเพื่อให้บรรดามิชชันนารีนำไปใช้ในโรงเรียนคาทอลิก หรือโรงเรียนของโบสถ์ (Parish schools) สำหรับครูผู้สอนทั้งชายและหญิงโดยออกกฎไว้ดังนี้คือ :-
ครูต้องสอนนักเรียนในเรื่องต่อไปนี้
1. สอนให้รู้จักทั้งตัวอักษรโรมันและตัวอักษรภาษาสยาม
2. สอนคำสอน
3. สอนหนังสืออื่น ๆ ที่พิมพ์โดยมิสซัง
4. ต้องสอนให้นักเรียนอ่านออกเขียนได้ (ส่วนเด็กหญิงเรื่องการเขียนขึ้นอยู่กับารตัดสินใจของบาท- หลวงว่าจะเขียนเกี่ยวกับเรื่องอะไรที่เป็นประโยชน์)
5. ครูต้องสอนขับร้องภาษาละตินให้เด็ก ๆ อย่างน้อยสัปดาห์ละสองครั้งนอกจากนั้นเป็นการสมควรอย่างยิ่งที่ครูผู้ชายและครูผู้หญิงจะฝึกหัดนักเรียนขับบทกลอนเป็นภาษาสยาม
6. จะเป็นประโยชน์อย่างยิ่ง และจะนำความยินดีมาสู่พ่อแม่ หากครูผู้หญิงจะอบรมสั่งสอนให้เด็กผู้หญิงรู้จักเย็บปักถักร้อย และงานอื่น ๆ ที่เหมาะสมสำหรับเด็กผู้หญิง”

     นอกจากนี้ยังมีบทลงโทษเด็ก ที่พระสังฆราชปัลเลอกัวซ์ได้กำหนดไว้อย่างน่าสนใจที่ครูในปัจจุบันน่าจะนำมาพิจารณาไตร่ตรอง คือ “ตามธรรมชาติของเด็ก ๆ ชอบเล่นมากกว่าเรียน ดังนั้นครูจึงต้องเอาใจใส่ดูแลไม่เฆี่ยนตีเด็กด้วยอารมณ์ หรือด้วยท่าที่หยาบคาย หรือด้วยความโมโหโทโส เมื่อเด็กประพฤติตนไม่เหมาะสม เพราะจะทำให้พวกเขาขยาดโรงเรียนและการศึกษาเล่าเรียน ครูต้องไม่เฆี่ยนตีเด็ก ๆ เมื่อเขาทำความผิดที่ไม่ร้ายแรง นอกจากเด็กจะทำความผิดซ้ำแล้วซ้ำเล่า แต่ครูจะเฆี่ยนตีเด็กก็ต่อเมื่อเด็กเหล่านั้นทำความผิดร้ายแรงและในทุกกรณีที่บาทหลวงตัดสินว่าจำเป็นจะต้องมีการผ่อนผันสำหรับเยาวชนที่เพิ่งเข้าเรียนใหม่” และยังมีกฎเพื่อป้องกันไม่ให้เด็กทำผิดศีลธรรมที่ว่า “ครูต้องไม่อนุญาตให้เด็กสองคนที่ขอออกจากห้องเรียนไปทำธุระส่วนตัวพร้อมกันเด็ดขาด เด็กที่ต้องการออกนอกห้องต้องรอจนกว่าเด็กที่ออกไปก่อนกลับมา”
ในสมัยนั้นเด็กชายและเด็กหญิงแยกกันเรียนคนละโรงเรียนและถือเป็นเรื่องเคร่งครัดมาก เพื่อหลีกเลี่ยงการพบปะกันระหว่างเด็กชายและเด็กหญิง ดังมีกฎห้ามไว้ดังนี้ :
“ห้ามเด็กผู้ชายและเด็กผู้หญิงเล่นด้วยกัน แม้ในที่สาธารณะ และต้องถือเรื่องนี้ด้วยความซื่อสัตย์ เด็กทั้งสองเพศจะไม่สนทนากันด้วยภาษาที่แสดงความเป็นกันเอง โดยเฉพาะอย่างยิ่งห้ามเด็กทั้งสองเพศอาบน้ำร่วมกันเป็นอันขาด”